ＭｉＳＥＬ（ミセル）の床置ユニットの中の棚板を減らして広く使いたいのですが、問題ありませんか？

条件付きですが、対応は可能です。

棚板には固定棚と自在棚があります。
自在棚は自由に位置を変更したり、枚数を変更することができます。

固定棚も後から移動することは可能です。
ただし、ボックス強度確保のため、固定棚取り付け間隔にはルールがあり、固定棚と固定棚の間に自在棚を設置する場合は、固定棚の間隔は940mm以内（2019年8月21日の仕様変更前は620mm以内）に、固定棚と固定棚の間に自在棚を設置しない場合は、固定棚の間隔は1260mm以内にする必要があります。

尚、固定棚が取り付けされていたダボ穴は、固定ネジを取り付けしていたために、穴が大きくなっています。自在棚取り付け用のダボを取り付けできないため、固定棚が付いていた位置には、自在棚を取り付けできなくなります。また、同じ位置に、再度、固定棚を取り付けることもしないでください。